新疆龟兹石窟研究院(原新疆龟兹石窟研究所)成立于1985年，所址设在克孜尔石窟。研究院是自治区文化厅下属的唯一一个驻外事业单位，主要工作任务是对古龟兹地区（阿克苏地区库车、拜城、新和等县）已发现和未发现的佛教石窟进行科学的保护、管理、研究。研究院负责并承担保护和管理的石窟群共有9处（目前全部为全国重点文物保护单位）。

　　分布在拜城境内的有克孜尔石窟、台台尔石窟、温巴什石窟。

　　克孜尔石窟位于拜城县克孜尔乡东南7公里的木扎提河北岸却勒塔格山对面的断崖上，距离拜城县约65公里。石窟总体走向呈东西向，绵延三公里。洞窟分为四个区域：谷西、谷内、谷东和后山。编号洞窟有269个。尚有一批未编号洞窟，洞窟总数近350个。  石窟群所处北纬41°46′59″～41°47′11″东经82°30′03″～82°30′32″。海拔为1245米

　　台台尔石窟位于新疆维吾尔自治区拜城县克孜尔镇东北约六公里处，与克孜尔东南七公里处的克孜尔石窟恰好置于南北一条支线上。克孜尔石窟开凿在木扎提河北岸的断崖上，台台尔石窟则坐落于这一断崖顶部向北延伸出去的戈壁丘陵上，两者的高差约在百米以上。石窟群所处北纬41°52′25.7″～41°53′14.9″，东经082°26′22.4″～082°27′27.1″，海拔为1240～1270米。石窟群的范围，东西长约400米，南北宽约160米，洞窟分布在东西两座山丘上。目前编号洞窟19个，约一半窟形完整，其中有4个洞窟保存有精美壁画。

　　温巴什石窟位于新疆维吾尔自治区拜城县东南约37公里的确尔塔格山的峡谷内。纬度41°34′267″～41°34′523″，经度81°38′203″～81°38′342″。海拔1390～1420米。由拜城县出发，向西沿317省道前行约12公里，再向东南沿342县道行进约8公里至温巴什乡政府，再向东南行进5公里至二大队，由此进入戈壁，沿着一条曲折蜿蜒的洪水沟内行进约12公库，即到达温巴什石窟。石窟群主要分布在一个长约1公里蜿蜒曲折的大沟内。大沟大致呈东北西南走向。洞窟数量为26个。西侧崖壁分布着1～12号洞窟，山顶上还有26号洞窟。东侧崖壁、山顶及其间的几条小沟内，分布着13号～25号洞窟。

　　分布在库车境内的有库木吐喇石窟、克孜尔尕哈石窟、森木塞姆石窟、玛扎伯哈石窟、阿艾石窟。

　　库木吐喇石窟位于库车县境内西约30公里的渭干河流经雀尔达格山山口处的山崖间，距克孜尔直线距离15公里。石窟群分为窟群、谷口两区，现有石窟112个。北纬度为41°41′25〞～41°42′95〞，东经度为82°40′59〞～82°41′59〞。海拔1033～1093米。

　　克孜尔尕哈石窟位于库车县西北12公里的盐水沟旁的却勒塔格山脉丘陵地带。在距离洞窟约1公里，耸立着高达约15米高的克孜尔尕哈烽燧。克孜尔尕哈编号洞窟66个，分布在五个单元组合内。北纬度为41°47′54″～41°48′03″，东经度为82°54′06″～82°54′15″。海拔1123～1172米。

　　森木塞姆石窟位于森木塞姆石窟位于库车县东北约40公里的牙哈乡克日西村北却勒塔格山口。洞窟按地理位置可分为东、南、西、北、中五个区，编号洞窟57个。中区中央为一地面寺院遗址。北纬度为41°51′50″～41°52′05″，东经度为83°08′31″～83°09′55″。海拔1165～1186米。     玛扎伯哈石窟位于新疆维吾尔自治区库车县东北30公里处的玛扎伯哈村西南部戈壁丘陵上。纬度为41°46′44.3″～41°46′55.4″，经度为083°12′11.7″～083°12′30″，海拔为1080～1090米。石窟群范围内分布有多条洪水沟。洞窟沿戈壁丘陵地势分布大致可分为四个区域，四个区的石窟总体大致呈西北—东南走向。目前编号洞窟44个洞窟，绝大多数窟形完整。

　　阿艾石窟位于新疆维吾尔自治区库车县阿格乡依地克村东北克孜利亚库木鲁克艾肯（维吾尔语，沙沟的意思）的崖壁上，与著名的阿艾炼铁遗址、阿艾古城相距甚近。北纬42。07，06.5，，，东经83。03，08.0，，，海拔1720米。石窟开凿的崖壁为砂砾岩，高出沟底30余米，沟内有泉水，周围少有植被，现仅存一座洞窟。

　　新和县境内的有托乎克拉艾肯石窟。

　　托乎克拉艾肯石窟位于新和县以西41公里的雀勒塔格山南坡的山地，海拔1015米。石窟分布于北纬41。33，02.0，，～41。33，16.1，，；东经82。07，10.8，，～82。07，18.8，，。是现知古代龟兹境内最西的石窟群。现已编号的洞窟有20个。

　　这些石窟全都分布在戈壁荒漠之中，分布范围达960平方公里，条件十分艰苦，交通极为不便。