关于科学和基督教的关系问题，早期的观点认为两者本质上具有不相容性。有许多事件被用来证明这一观点，其中之一便是哥白尼的“太阳中心说”曾遭到教会的激烈反对等。许多学者如德雷伯、怀特和罗素也都著书论证这个观点。

　　不过，随着科学史学家对科学发展过程中社会、经济因素的重新认识，学者关于这一问题的观点也发生了变化。格兰特认为，中世纪的神学家认可自然哲学是阐释神学的有用工具，既可以把科学应用于神学，又可以把神学应用于科学。怀特海也曾提到：“在现代科学理论还没有发展以前，人们就相信科学可能成立的信念是不知不觉地从中世纪神学中导引出来的。”尤其是《十七世纪英格兰的科学、技术与社会》中提出的清教有助于科学在17世纪英格兰的扩张这一“默顿命题”，从文化价值的角度证明了基督教对近代科学的贡献。此外，科学史学家科恩指出：“在近代科学形成的几个世纪里，宗教（或至少是一种宗教背景或宗教价值）可能对科学的发展施加了一种正面的力量。”弗斯特甚至认为，正是基督教的上帝创世论成功融入科学中才导致了近代自然科学的诞生。于是，对科学与宗教关系的认识变得丰富多样。巴伯在《当科学遇到宗教》中将科学与宗教的关系划分为四类：冲突、无关、对话和整合，并反复强调其复杂性。本文将专注于自然神学与博物学（科学的一种）的关系。

　　文艺复兴时期，西方的社会、经济、文化发生了重大变化。1525年，威廉·廷代尔将《圣经》翻译成易懂的英文，活字印刷术的发明也使普通人直接阅读《圣经》变得可行。同时，宗教改革又使人们可以通过《圣经》直接与上帝交流。于是，人们可以自己阅读《圣经》，思考并观察世间之物。与此同时，人们也开始相信对自然的直接体验等同于对《圣经》的体验，通过这本“自然之书”也可以了解上帝的存在、特性和意图。这部“自然之书”对所有人开放，而他们都可以掌握那些植根于自然中的上帝的规律。于是，自然神学（naturaltheology）应运而生。它认为上帝的存在可以从自然设计的证据中推导出来，或者通过研究自然秩序就可以增加对上帝本质与目的的理解。1802年，英国圣公会牧师威廉·佩利出版《自然神学》一书，通过手表和钟表工匠的比喻论证了自然神学的合理性。他在书中声称：通过在宇宙中观察到计划的一致性可以证明上帝的统一性，这种一致性既是科学探索所假设的，也得到了科学探索的证明。于是，自然神学不仅为科学家理解、解释自然提供了必要的途径，还为近代科学家提供了必要的研究动力。