欧洲文明的危机与衰落是19世纪末以来西方人无法回避的困境。胡塞尔在其最后一部著作《欧洲科学的危机与超越论的现象学》中认为,欧洲科学的根本危机在于科学抛弃了“最高的和终极问题”,要克服危机,必须回溯其开端,探求科学与文明真实的理性精神基础。

　　胡塞尔将科学危机界定为欧洲人生活危机的表现,其根源在于近代物理学的客观主义和超越论的主观主义之间的对立,在于科学的客观主义使哲学与精神丧失了意义维度。胡塞尔试图开辟一条超越论现象学的道路,从生活世界作为科学自身理解的基础,以及心理学对超越论的主观性的理解这两个层面克服科学与文明的危机。

　　胡塞尔认为,科学应该是“对于人的生存过去意味着以及现在可能意味着的东西”,而处于危机中的科学却丧失了这种科学性。一方面,现代科学仅单纯注重事实,导致科学对关于人的整体生存意义之有无这个具有普遍性和必然性的问题,缺乏“总体上的思考和理性的洞察”;另一方面,不论是对物质世界还是精神世界,科学仅满足于“将客观上可确定的东西看作是真理”,却将理性乃至非理性的问题都排除掉了。

　　胡塞尔对科学概念作出分辨,并对事实科学的实证性进行了批判。他认为,各种事实科学的实证方法和取向不能取代作为总体的基础科学的理性精神,事实科学的研究内容和成就也无法代表科学,即“关于存在者全体的学问”的“唯一哲学”,因为它们只是“复数意义上的学问”。然而,事实科学的发展却趋向与“唯一哲学”的分离,并将其只关注客观事实的实证方式泛化,使理性失去意义。所以,科学的危机并非外在地体现为各类事实科学的无效,而是贯彻理性精神的科学之形而上学的可能性和有效性的日益衰微。那些事实科学只关注客观,对主观性的遗忘使理性精神降格为“素朴”、“自然”的实证性,作为精神科学的哲学成了问题。但这一问题不是由理性自身造成的,而是哲学缺乏自身的严格性、精密性和可分析性,导致人类普遍理性的潜在意义和可能性成了问题。进而,由于事实科学只是在与哲学的不可分割的统一中才具有其自身意义,因此事实科学的可能性也成了问题。这才是科学危机的实质所在。

　　古希腊人将自身形成的系统而完整的精神构成物称为“哲学”,在胡塞尔看来,这种“哲学”就是理性主义,是理性自身的不断阐明。所谓“精神的欧洲”不仅超越了经验领域,使实践也遵循理论的自律性,而且塑造了欧洲人生活当中社会、政治的整个存在。

　　但是当近代科学接受理性哲学时,理性主义的任务和哲学的意义却发生了根本变化。胡塞尔认为,不断泛化的技术化尤其是数学化使科学陷于经验主义,遗忘其超越性的意义。

　　胡塞尔认为,笛卡儿之后的霍布斯、洛克直到莱布尼兹都贯彻了数学和物理学主义的理性主义,按照精确的几何学的条理创立关于理性问题和事实问题的哲学—形而上学。但这却是理性的歧途,在将心灵客体化的同时,自我—主观消失了。而这正是超越论的哲学要扭转的。